Maria Nikolajeva emigrerade till Sverige 1981. Hennes uppväxt i Sovjetunionen skildrade hon 2010 i den självbiografiska boken "Om hur jag växte upp under diktaturen". År 1988 försvarade hon sin doktorsavhandling inom ämnet barnlitteratur. Från 1999 till 2008 tjänstgjorde hon som professor i litteraturvetenskap vid Stockholms universitet.
Nikolajeva har i sin akademiska forskning fokuserat på barnlitteratur, vilket resulterade i hennes bok "Barnbokens byggklossar", vilken utkom i en tredje upplaga 2017. Sedan sommaren 2008 bor hon i Cambridge, Storbritannien, där hon innehar en nyligen inrättad professur i barnlitteratur vid Cambridge University.